| La calidad e importancia del este lugar viene determinada, principalmente, por los siguientes factores. Por la presencia de 18 hábitats del Anexo I de la Directiva 92/43/CEE y de dos especies del Anexo II de dicha directiva, ambas con importantes poblaciones en el lugar. Por lapresencia de cuarenta y una especies del Anexo I de la Directiva 79/409/CEE, de las cuales 12 nidifican regularmente. Entre las nidificantes destacan, por su importancia o por el volumen de sus poblaciones las siguientes aves marinas: Puffinus mauretanicus, unica ave endémica de las Baleares, Calonectris diomedea, Hydrobates pelagicus melitensis, Larus audouinii y Phalacrocorax aristotelis desmaretii. Otras especie importantes de este Anexo son Himantopus himantopus, nidificante en las salinas de amnbas islas, Burhinus oedivcnemus, 4 parejas establecidas de Falco peregrinus, una buena población de Sylvia sarda balearica y la presencia regular y durante todo el año de varios ejemplares de Pandion haliaetus que se espera vuelvan a nidificar aquí.
Entre otras especies de aves no incluidas en el mencionado Anexo destaca la buena población reproductora de Charadrius alexandrinus y, en menor cantidad, de Charadrius dubius, la presencia de entre 6 y 10 parejas de Falco tinnunculus, en la nidificación en el lugar de Motacilla flava iberiae y de algunas parejas de Oenanthe hispanica, ambas especies muy raras en Ibiza. Este lugar tiene una gran importancia para la migración e invernada de aves acuáticas en general. En primer lugar destaca el interés e importancia del Estany Pudent de Formentera para la migración e invernada de la población europea de Podiceps nigricollis, ya que han llegado a invernar hasta 4.000 ejs, haciéndolo actualmente entre 1000 y 1500 aves. Otra especie que frecuenta en número creciente las salinas de Ibiza es Phoenicopterus ruber, con grupos de hasta 500 aves.
Respecto a otras especies de vertebrados incluidos en el Anexo II de la Directiva 92/43/CEE, cabe destacar la presencia regular de Tursiops truncatus, del cada vez más raro en Ibiza Bufo viridis balearica y de la existencia de un gran número de subespecies de la endémica Podarcis Pityusensis, habiéndose detectado subespecies en casi todos los numerosos islotes de los Freus, además de las subespecies propias de Ibiza y Formentera. Por otra parte estas aguas son un lugar muy interesante para la invernada de Caretta caretta, especialmente para poblaciones juveniles.
Respecto a otras especies importantes para la flora y fauna que no se encuentran incluidas en las mencionadas directivas, se han incluido, además de la endémica Sylvia sarda balearica, a las subespecies endémicas Genetta genetta isabelae, Crocidura russula balearica y Eliomis quercinus ophiusae, raza endémica de Formentera de gran tamaño. Con motivación D se han incluido a las abundantes Tarentola mauretanica y Hemydactylus turcicups por su interés para la biodiversidad y en el funcionamiento de los ecosistemas y a un pequeño número de peces, todos ellos considerados amenazados en el Libro Rojo de los Peces de las Baleares y uno de ellos, Didogobius splechni, endémico de Ibiza y Formentera.
Entre los invertebrados marinos se han incluido dos especies con motivo D debido a su rareza y otros ionvertebrados terrestres endémicos como son los gasterópodos Trchoidea c. caroli, Cochicella conoidea y los tenebriónidos Alphasida ibicensis, Asida ludovici ludovici, Asida mater, Crypticus pubens balearicus, Nesotes viridicollis, Pachychyla sublunata, Phylan mediterraneus, Pimelia elevata, Stenosis intricata, Tentyria ophiusae y Heliopates balearicus.
Entre las plantas, destacan otros diez endemismos presentes en el lugar, como
Allium antoni-bolosii, Silene cambessedesii y Helianthemum marifolium origanifolium, endémicas de Ibiza y Formentera; Chaenorrhinum formenterae y Micromeria inodora, endémica de Ibiza y Mallorca y Aetheorhiza bulbosa willkommi, Micromeria filiformis, Micromeria microphylla, Ophrys balearica y Ranunculus barceloi, endémicas del conjunto de las Baleares. |